نعتمدُ في مؤسسة الامام امير المؤمنين (ع) الخيرية نظاماً مالياً معالَجًا بنظامٍ إلكترونيٍ يتميز بالشفافيةِ العاليةِ والدقةِ الكبيرة، إذ نطبق نظامًا محاسبيًا موحدًا يكفلُ صرفَ الأموالِ المتبرعِ بها وفقَ ما يخصصُهُ المتبرعُ حصرًا. وتخضع حساباتنا الختامية السنوية لمراحل من التدقيق، تبدأ بمنظومة التدقيق المالية الداخلية في المؤسسة ثم محاسب قانوني معتمد في نقابة المدققين العراقيين ثم دائرة المنظمات غير الحكومة في الأمانة العامة لمجلس الوزراء، فضلا عن الإشراف المؤسسين على صرف الأموال والتصرف بها.
وتجدر الإشارة إلى أنَّنا نستقطع نسبة ٥٪ من الكفالات لصالح الأجور الإدارية كون المؤسسة خيرية لا تتبع اي جهة سياسية او حزبية، و يجري تسليم الأموال والتبرعات إلى اليتامى كاملة حسب المورد الذي خصصه المتبرعون.
